A aplicação de recursos do programa contempla as etapas: creche, pré-escola, ensino fundamental, educação de jovens e adultos, educação profissional, ensino médio, além de educação indígena, quilombola e atendimento educacional especializado, nas redes estaduais, distrital e municipais.
Os valores também podem ser aplicados na remuneração dos trabalhadores da educação das respectivas redes de ensino, de forma que o ente federado alcance a parcela mínima de 60% dos recursos totais do Fundo investida neste fim.
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