Nascido em 1 de outubro de 1934 em Santander, Botín foi herdeiro da tradição financeira de sua família, já que seu avô e seu pai também foram presidentes do banco Santander, e começou a dirigir a entidade bancária em 1986, e foi um dos responsáveis pela sua expansão internacional. Formado em Direito e Economia pela Universidade de Deusto, Emilio Botín ingressou aos 24 anos no Banco Santander, onde ocupou os postos de representante dos serviços centrais.