O Ministério da Integração Nacional já investiu mais de R$ 117,1 milhões nas ações do Programa de Conservação da Fauna e Flora do Projeto de Integração do Rio São Francisco, desde o início do empreendimento. Desse total, R$ 8,9 milhões foram aplicados na implantação do Centro de Conservação e Manejo de Fauna da Caatinga (Cemafauna) na Universidade Federal do Vale do São Francisco (Univasf), parceiro do programa, em Petrolina (PE).
As atividades têm proporcionado um profundo conhecimento da fauna brasileira e permitiram até a descoberta de nova espécie de borboleta (Pheles caatingensis) no sertão nordestino, além de resgatar durante a execução da obra mais de 136,7 mil animais, dos quais 85% (116,5 mil) já foram devolvidos à natureza.
A nova borboleta foi encontrada em Brejo Santo (CE) e em Cabrobó (PE), em 2014, durante o monitoramento das obras pelas equipes técnicas da Univasf, rotina constante realizada desde 2008. Segundo os pesquisadores da instituição, a ocorrência deste animal neste local é um indicativo da qualidade do habitat da caatinga. Ainda há outras duas espécies em estudo que poderão revelar novas descobertas.
Atualmente, algumas espécies vulneráveis e em perigo de extinção estão sendo reabilitadas no Centro, como a cutia, gato-do-mato e gato-mourisco. Já foram reintegrados à natureza veados, tatus, tamanduás, macacos, papagaios, cachorros-do-mato, gatos-do-mato, guaxinins, papagaios, maracanãs, jiboias, entre outros.
As espécies que não são devolvidas à vida selvagem, devido ao comprometimento da sua habilidade de sobrevivência, vão para zoológicos ou criadores científicos credenciados aos órgãos ambientais. As instituições de fiscalização também recebem apoio do Cemafauna, com o tratamento das vítimas do tráfico de animais e de acidentes rodoviários.
As atividades também constataram que cobras dormideiras (Thamnodynastes almae e Thamnodynastes sertanejo), que são espécies inofensivas, ampliaram as suas localizações geográficas para os estados do Ceará (CE), Pernambuco (PE) e Paraíba (PB). Antes do projeto, não havia registros científicos nesses estados.